目前很多蘋果園存在土壤板結，土壤鹽漬化，有機菌肥施用量嚴重不足，偏施氮、磷肥、不重視中微量元素，果園土壤養分利用率不高等問題。尤其是土壤有機質含量極低，國內大多數蘋果園土壤有機質不足1%，而國外的最高達6%。土壤的有機質含量偏低，會影響土壤的保水透水性、透氣性和養分利用率，造成蘋果黃化、水裂紋等缺素或生理性病害，對果實品質影響較大。
一、土壤普遍存在的問題
1、土壤酸化及鹽漬化
土壤酸化易滋生病菌,根際病害增加。土壤pH下降,吸附在土壤膠體上的鈣、鎂、鉀等陽離子的數量會被過度消耗，表現出各種缺素癥和生長不良現象；土壤鹽漬化使土壤結構被破壞，土壤板結、肥力下降，蘋果根系及地上部分生長受阻。
2、土壤缺少有益的微生物菌群
有益微生物能促進根系吸收營養，還能產生促進作物生長的物質、抑制有害病菌，起到改良土壤，保護作物生長環境的作用，但土壤中的有益微生物因大量使用化肥、農藥等遭到破壞大大減少。
3、土壤板結
土壤板結主要是因為長期施用無機肥，不重視有機肥的使用，造成土壤有機質含量不斷降低，影響微生物的活性,從而影響土壤團粒結構的形成,導致土壤板結。
這三大問題都會導致作物根系生長受阻，影響根系對營養物質的吸收利用；土壤保水保肥性差；易發生根部病害，從而導致作物生長出現異常。